Pôvod skrytej, tzv. podzemnej cirkvi siaha k spoločenstvu Rodina založenému v 40. rokoch chorvátskym kňazom Tomislavom P. Kolakovičom. Ten ušiel na Slovensko z rodného Chorvátska, kde ho prenasledovali pre jeho protifašistické a protinacistické postoje. Počas stalinistického stíhania cirkví a odporcov režimu v 50. rokoch boli viacerí členovia Rodiny v rámci vykonštruovaných súdnych procesov odsúdení na dlhoročné tresty odňatia slobody. Keď ich počas politického odmäku na konci 60. rokov prepustili, začali organizovať skupiny spoločensky angažovaných veriacich. Po potlačení reforiem Pražskej jari museli začať svoju činnosť vykonávať opäť tajne.
Od konca 70. rokov tvorili skrytú cirkev katolícke spoločenstvá dospelých, študentov, rodín a detí, ale tiež rehoľníkov, tajne vysvätených kňazov alebo kňazov bez štátneho súhlasu. Stretávali sa a snažili sa rozvíjať náboženský život aj mimo kostolov, organizovali výlety a modlitbové stretnutia. Všetko toto museli robiť skryto, keďže ich aktivity prekračovali rámec veľmi úzkej socialistickej definície náboženskej slobody. Hrozili im preto postihy a viacerí členovia podzemnej cirkvi boli reálne perzekvovaní.